No ano 20XX (Divulgado pela Capcom 2013), graças aos esforços de Mega Man
e seus amigos, Dr. Wily finalmente foi preso depois de vários anos de
batalhas, mas ele já havia contado com a possibilidade de um dia seus
planos chegarem a um fim nas mãos de Mega Man, e, antes que isso
acontecesse, criou quatro Robôs Mestres num laboratório secreto. Se eles
não recebessem nenhuma ordem de Wily em seis meses, estes se
auto-ativariam e sairiam em busca de seu mestre. Assim ocorreu.
Mega Man, que estava aproveitando a paz que a prisão de Wily havia
lhe trazido, imediatamente deu-se conta da situação e foi chamado para
ação. Ele, que estava com Roll e Auto, descobriu que a cidade estava
sendo arruinada. A estrada estava muito instável para continuar e,
então, pegando seu capacete (ainda que antes Auto desse-lhe um capacete
de Mettaur, por engano) e seguindo a pé, nosso herói encontra Rush e Dr.
Light, que já estavam na cidade quando o ataque começou. Dr. Light
chama a atenção dele para a enorme prisão na qual vê-se infiltrar 4
objetos, àquela distância não identificáveis, que libertam Wily. Depois
de derrotar uma tropa e um robô gigante, Mega Man encontra Bass, um robô
com habilidades muito similares às suas, e seu cão-robô, Treble. Após
uma curta batalha, Bass informa Mega Man que ele e Treble também estão
batalhando contra Wily e só estavam verificando se aquele era mesmo
Mega. O recém conhecido e o seu cão, então, teleportam-se, deixando Mega
um tanto confuso.
Em seguida, nosso amigo azul combaterá os quatro robôs mestres:
- Cloud Man, o poderoso controlador do clima;
- Freeze Man, o hábil robô de gelo;
- Burst Man, o apelador criador de bolhas; e
- Junk Man, o energético manipulador de ferro-velho.
Pelo caminho ele também vai coletando partes para a sua nova
atualização, "Super Adapter", e novos itens que o ajudarão a cumprir as
mais diversas tarefas.
Depois de derrotá-los, Dr. Light informa Mega Man que Wily atacou o
"Robot Masters Museum". Mega parte para o museu e derrota Mash, o pesado
robô palhaço, mas não conseguindo deter Wily a tempo. Este é ainda
visto carregando, em sua nave, um antigo Robô Mestre por um buraco no
teto. Este robô mestre é ninguém mais, ninguém menos que Guts Man,
aquele mesmo que Mega Man derrotou em Mega Man I
, lançado para a console NES em 1986. Após retornar ao laboratório, Dr. Light diz a Mega que mais quatro Robôs Mestres estão destruindo a cidade:
- Spring Man, o descontrolado robô mola
- Turbo Man, o veloz robô de corrida;
- Shade Man, o medonho robô vampiro; e
- Slash Man, o ágil robô fera.
Nosso herói então parte para derrotá-los. Durante sua jornada, ele se
encontra com Proto Man três vezes, que quer verificar quem Dr. Light
fez mais forte. Na terceira vez, Proto Man luta com Mega Man que vence,
ganhando o escudo de Proto Man.
Em certa parte da área de Shade Man, Mega Man passa por um Bass
danificado, ele diz a Bass ir ao laboratório de reparos do Dr. Light.
Enfim, depois de derrotar todos os Robôs Mestres, Mega Man retorna ao
laboratório. Light consertou Bass, que aproveitou-se da situação para
roubar uma cópia do projeto Super Adapter e destruir quase todo o
laboratório, antes de ir, revelando-se um traidor.
Agora, armado com novos itens, oito novas armas e todo o conhecimento
adquirido, Mega vai ao castelo de Wily. Ele passa pelas mais variadas
máquinas de Wily, derrota todos os robôs mestres novamente, Bass (que
foge a tempo) e é obrigado a lutar novamente com Guts Man, este já
reprogramado pela 2ª vez (a 1ª vez foi em Mega Man 1), agora nomeado de Guts Man-G e contando com um enorme alicate. Mesmo assim, não dá outra: o robozinho azul ganha de novo.
Mega encontra-se novamente com Bass. Este utiliza uma adaptação da
cópia do Super Adapter roubado do laboratório e se une a Treeble
ganhando impressionantes novas habilidades muito semelhantes às de Mega
Man quando usa o Super Adapter: Tiro perseguidor e vôo com capacidade de
investida. A batalha é difícil e termina com a vitória do robô de Dr.
Light e a fuga de Bass, que diz pretender re-encontrá-lo no futuro.
Chega, enfim o último duelo: Mega Man Vs. Dr. Wily. Este a princípio
usa um robô-caveira gigante que explode e cede lugar a uma poderosa
nave. A nave usa ataques de água, fogo, eletricidade e até tóxicos, além
poder se tornar invisível. Utilizando todo o seu potencial e
esquivando-se das investidas de Wily, Mega Man finalmente o vence,
sobrando apenas Wily rendido no chão. O arque-inimigo de Dr. Light
pergunta como é possível existir um robô tão surpreendente como Mega e
este responde é muito, mas muito mais do que um robô. De repente, a
fortaleza começa a explodir, Treble então aparece e teleporta-se com
Wily, deixando só o herói, que encontra a saída. Agora vencedor, Mega
retorna ao Big Eddie, aonde Roll, Auto, Dr. Light, Beat e Rush estão
esperando por ele, que comemora a vitória festejando e tirando uma foto
de recordação.